A turma vive em uma pequena cidade chamada Baía Cristal, a geração mais velha e os pais usam a longa história da cidade sobre aparições de fantasmas e monstros para trazer turistas, mesmo que isso signifique ocultar a verdade e pôr todos em perigo, o que leva a conflitos entre a turma e os mais velhos. Além de resolver mistérios, a turma ainda tem que lidar com um personagem misterioso chamado "Sr. E", que diz que eles descobriram a "verdade da Baía Cristal" e o caso da desaparecida Mistério S.A. anterior.
DUBLADO
E01 - Cuidado com o Monstro que vem de Baixo
E02 - Monstros Assustadores
E03 - O Segredo do Caminhao Fantasma
E04 - A Vinganca do Homem Siri
E05 - A Música do Mistério
E06 - A Lenda de Alice May
E07 - Com Medo do Fantasma
E08 - Nas Garras do Gnomo
E09 - A Batalha dos Humongonautas
E10 - O Uivo do Cão Sinistro
E11 - O Soro Secreto
E12 - A Loucura Gritante
E13 - Quando a Cigarra Chama
E14 - Finais Estaduais do Clube de Resolução de Mistérios
E15 - Gangue da Pesada
E16 - Onde Afrodite Anda
E17 - Fuga da Mansão Misteriosa
E18 - O Segredo do Dragão
E19 - Susto da Noite
E20 - A Canção da Sereia
E21 - A Ameaça da Mantícora
E22 - O Ataque do Horror Decapitado
E23 - Uma Assombração em Baía Cristal
E24 - Justiça Morta
E25 - Peão das Sombras
E26 - Todos Fogem do Feio